前國安局長陳明通指導前新竹市長林智堅等綠營政要的碩士專班論文涉抄襲，台大對其教職也做出不續聘的決定，但媒體傳出陳明通為保住台大退休金，已提出退休案，校內人脈也全力保駕護航。對此，台大國發所回應，報導內容顯與法規與事實不符。
教育部則表示，陳明通是由教育人員轉任為政務人員，依政務人員退職撫卹條例規定，其退職後依公立學校教職員退休資遣撫卹條例，由其最後服務學校（台大）將退休案函送至教育部審核。陳明通退休案刻由教育部依相關法規辦理中，並無報載退回學校的情事。
對於陳明通退休案，台大國發所提出兩點聲明：
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（一）本校教師退休案，依法係由教師直接向人事室申辦，系所並無實質審核教師能否退休之權限。本所之教評會決議內容，並未涉及陳教授退休事宜，因其不屬於所教評會職權。
（二）本所教評會已經審議者，是校方移請處理之陳教授被檢舉疑涉學生論文指導不周案，本所教評會已作成決議送交院方。該次所教評會決議內容，依校方書面指示不予公開。
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